Комментарии 24
Один прогон генерирует около 49 гигабаз «сырых» данных в формате pod5, ~6 гигабаз готовых ридов в формате BAM и около гигабайта логов адаптивного семплирования. Выделяйте по 100 гигабаз на каждый прогон. Три проточные ячейки, работающие параллельно для 30-кратного полногеномного покрытия, произведут около 300 гигабаз файлов pod5 ещё до начала процесса бейсколлинга.
Не слишком ли велика сложность для системы, которая образовалась "сама собой в ходе естественного отбора"?
Мало техническиз подробностей, но ChatGPT быстро все объяснил
Ждем на алике дешевых аналогов. Там нечему стоить такие деньги.
Деньги мизерные по сравнению с миллиардом, потраченным на похожее всего лишь пару десятилетий назад. И насчёт "нечему стоить", сами подумайте, легко ли сделать нанометровые поры.
Как вы поняли, что "нечему стоить такие деньги"?
Нанопора сама по себе белковая. И это искусственно мутированный белок, соответствующий нескольким критериям, некоторые из которых: гибкость нанопоры при достаточной узости, чтоб проходили только одноцепочечные НК (да, можно и РНК), короткий канал поры, чтобы не было слишком много вариантов того, что может быть внутри, термостабильность (и при этом конформационная гибкость, не забываем), ну и способность связываться с моторным белком, чтобы транспорт НК через пору был быстрее диффузии и предсказуемее. Збс требования, да? Удачи в инжиниринге.
А не настораживает что там в купленой матрице половина каналов может не работатать?
Там и цепочки рваные измеряются, и каналы кое как работают. Все основано на брутальной обработке статистики. Тут прецизионного инжиниринга минимум.
Белок при неправильном или очень долго хранении ячейки денатурирует - так что нет, не смущает. Инженерии там как раз дофига - и генной, и обычной. Иначе точность была бы как у монетки, а скорость как у диффузии. И конечно разные фрагменты секвенируются - у тебя нет способа отобрать только нужные и определённой длины без ПЦР. А с ПЦР ты максимум длины имеешь 20-40 килобаз (и то если постараешься и без гарантий стабильности, стабильность заканчивается в районе 6-10 килобаз) и теряешь инфу по эпигенетике и прочим модификациям (окисление, рад сшивки, выпадение оснований, дезаминирование...).
Не знал, что уже и метилирование считывают. Это прям шаг вперёд.
Фантастика! Снимаю шляпу)
Очень круто. Правда, практическая применимость полученных геномных данных лично мне не очевидна.
Круто, ждем набор по редактированию, стань супермутантом не выходя с кухни :)
Радостно пляшу от радости, с почти таким же набором собирася заморачиваться в Июле, тк заколебала редкая мутация, на которую 0 исследований. Основной бенефит конечно же, - не делиться своей ДНК и ПД с кем попало
Сейчас похожий девайс стоит кажется 5120, + реагенты
Но для полного секвенирования не нужны несколько наборов, как у автора
Можете рассказать подробнее? Вот прочитан геном, а что дальше? Вы уже знаете, какая именно это мутация или где её искать?
В плане какие действия в случае успеха? Или в целом?
Похожая по фенотипу мутация встречалась только 1 семье, но у остальных людей с этой же мутацией пенетрация нулевая. У меня либо вариация сильнее уже встречавшейся, кластер мутаций, либо принципиально новая мутация.
Соответственно сначала надо попасть либо в гетерозиготные 2 мутации в 1 каскаде, либо в 1 гомозиготную (маловероятно). Либо попасть только в 1 или 0 и проверять весь геном, не-генетическим оно быть не может, значит какой-то результат будет.
Я признаюсь, что у меня цели у меня немного нереалистичные, если возможно, я бы хотел выделить изолированный фенотип, исследовать ген.
В сути: вариант -> секвенс в группе -> каскад -> если не повезет, то все сложнее WGS по регионам и потребуются новые наборы реагентов.
5120 - это Mk1D, там система термостабилизации ячейки, защита от света (да, это важно, как оказалось) и богаче стартовый набор.
Проточная ячейка R10.4.1 FLO-MIN114
~$900
Одна штука на прогон. Одноразовая
Наши люди в 2017 году одноразовую отмыли и повторно использовали.
Всем привет, меня зовут Александр Соколов, и я хочу рассказать, как сделал дома секвенатор – прибор для расшифровки ДНК. Рыночная цена такого прибора составляет около 10 миллионов рублей.
***
Чип позиционируется как одноразовый и после использования выкидывается. Соответственно, там, где работает PGM, такие чипы можно достать бесплатно в любом количестве. Зачем их доставать, спросите вы? Дело в том, что чип мне уже удалось использовать многократно. По сути он вечен: достаточно хорошо промывать его – и можно применять вновь и вновь. По точности работы он ничем не будет отличаться от нового. Сама моя идея заключалась в том, чтобы сделать прибор под этот условно бесплатный чип.
Не слабое такое оборудование для кухни.
Если это перевод, то следовало оставить оригинальное название “How I sequenced my genome at home”. Наиболее близким будет “Секвенирование генома в домашних условиях”. В оригинале написано не “на кухне”, а “на кухонном столе”. Это означает, что необходимое оборудование занимает сравнительно немного места. (хотя на фото стол немалых размеров, и на нем можно разместить много всякого оборудования, в том числе профессионального.)
Статья является tutorial. Она описывает использование покупного оборудования по стандартной методике. Oxford Nanopore Technologies продает малогабаритные и сравнительно дешевые нанопоровые секвенаторы примерно с 2019 года. С их помощью определяли штаммы SARS-CoV-2 во время пандемии, и благодаря этому они стали широко известны.
Ничего фантастического статья не описывает. Рутинная лабораторная работа, которую делают студенты. Необычно только то, что все куплено на свои деньги.
Точность полученных результатов неизвестна. Нет сравнения с результатами полученными в профессиональной лаборатории.
В порядке шутки: если собранные челом данные тем или иным способом попадут к людям, обладающим необходимым для этого оборудованием, этой информации же окажется достаточно, чтобы его клонировать и подать на алименты?
Прочитал свой геном на кухне и превратил мазок щеки в 30 гигабаз данных ДНК